宝石の保護を考えるなら、ふくりん留めでお願いするのが一番いいでしょうか?
覆輪留めのメリットは石の保護というよりは、引っ掛かりを抑えることかなと思います。
もちろん宝石も保護はされますが、留めるために石の周りを叩いて留めるため少しリスクはあります。
ペンダントであれば引っかかりも、宝石を当ててしまう心配もそこまでありませんからデザインで選択されても良いかと思います!
また万が一、宝石に傷ついてしまった場合に石をはずすことができないのが覆輪です。
枠を糸鋸で切ってはずす必要がありますので、石だけをリカット、リポリッシュして再度同じ枠に留めることができません。
それを考えると柔らかい石ほど爪留めにしたほうが良いのかな?と個人的には思っています。